Pejabat Mufti Wilayah Persekutuan sebelum ini merupakan salah satu bahagian di Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan (JAWI). Pada waktu itu, Mufti Wilayah Persekutuan sebagai ketua kepada bahagian yang dikenali sebagai “Bahagian Istinbat”.
Pada 1 Oktober 1998, bahagian tersebut telah diasingkan daripada struktur JAWI berikutan penyusunan semula struktur Jabatan Perkhidmatan Awam, Bahagian Pembangunan Operasi. Pada peringkat awal operasinya, pejabat ini hanya terdiri daripada 6 orang anggota sahaja.
Mulai tahun 2000, semua urusan pentadbiran dan kewangan pejabat diuruskan sepenuhnya oleh pejabat ini dengan mendapat waran peruntukan mengurus daripada Jabatan Perdana Menteri. Pada 3 Mac 2004, Pejabat Mufti Wilayah Persekutuan cawangan Labuan telah ditubuhkan. Pejabat Mufti cawangan Labuan beroperasi di Bangunan Ujana Kewangan Wilayah Persekutuan Labuan.
SENARAI MUFTI
- SS Tan Sri Dato' Sheikh Abdul Mohsein bin Hj. Salleh (1 Februari 1974 - 7 Februari 1986)
- SS Dato’ Sheikh Othman Bin Hj. Ibrahim (2 September 1986 - 30 September 1990)
- SS Tan Sri Abdul Kadir Bin Talip (15 Julai 1991 - 16 Januari 1997)
- SS Datuk Hj. Md Hashim bin Hj. Yahya (1 Mac 1997 - 15 Januari 2003)
- SS Datuk Dr. Mohammad Yusoff Bin Hussain (31 Januari 2003 - 15 Januari 2005)
- SS Datuk Hj Wan Zahidi Bin Wan Teh (21 Mac 2005 - 20 Mac 2014)
- SS Datuk Dr. Zulkifli bin Mohamad Al-Bakri (23 Jun 2014 - 10 Mac 2020)
- SS Datuk Prof. Madya Dr. Luqman bin Haji Abdullah (15 Mei 2020 - Sekarang)